A l’indépendance, se pose le problème du devenir de « l’établissement mère » et de ses élèves :
- ceux issus de l’ENSA (1ère et 2ème Années) vont terminer leur cursus en France (ENSA de Montpellier, Grignon, … etc.);
- quant aux étudiants algériens de l’ESAA, redevenue IAA, ils y poursuivront leurs études des Novembre 1962, malgré les tentatives de fermeture de l’établissement et son transfert! en France.
La promotion de nouveaux bacheliers algériens est accueillie sur titre a l’institut Agricole d’Algérie lors de la rentrée scolaire de 1962 pour une formation de 3 années. Les étudiants ayant effectuè avec succès la 1 ere année de la Faculté des Sciences et titulaires donc du SPCN (= Sciences Physiques, Chimiques et Naturelles) ou du MPC (= Maremmatiques, Physiques, Chimie) sont admis sur titre en 2ème année.
Dans leur contenu les programmes, vont être les héritiers de ceux de l’ESAA, a la seule différence que certains cours de 1èr année (Mathématiques, Physiques, Chimie, Biologie Animale et Végétale, Géologie} se déroulent a la faculté des Sciences d’ Alger. Les élevés reçoivent a l’IAA, une formation agronomique polyvalente de 3 ans intercalée de deux stages de 45 jours: - stage en milieu rural ou en exploitation en fin de 1èr année;
- stage dans un domaine spécialisé autour d’une production végétale et/ou animale, industrie alimentaire, … etc. en fin de 2ème année.
Cette formation est sanctionnée par le « Diplôme de l’institut Agricole d’ Algérie », Elle aura le mérite d’avoir fourni a l’agriculture algérienne l’embryon de son encadrement.En outre, devant les besoins pressants du secteur agricole et suite au départ de la majeure partie des cadres étrangers, les modalités d’accès sont élargies aux titulaires du Diplôme d’Études Agricoles du Second degré (DEASD) des écoles régionales d’agriculture et des lycées agricoles. De même qu’un concours d’entrée (niveau baccalauréat) est ouvert chaque année aux élevés de terminale des lycées.
Ce type de formation est maintenu jusqu’en 1968, date a laquelle, l’institut passe sous la tutelle du Ministère de l’Éducation Nationale de l’époque avec un changement de dénomination accompagné d’une refonte appréciable des programmes d’enseignement.